Selon des sources internes au CNDD-FDD, cette libération de prison a fait l'objet d'un marchandage plus profond. Les généraux auraient fait pression sur le président pour qu'il libère l'un des leurs. Ndayishimiye aurait résisté pendant près d'un an, et sa concession finale aurait été liée à la sécurisation de sa propre voie vers un second mandat; les biens confisqués de Bunyoni devant lui être discrètement restitués après l'élection. Cette libération est donc bien plus qu'un geste humanitaire.